Os laboratórios são fundamentais para o desenvolvimento dos processos didáticos desenvolvidos pelos cursos ofertados no Campus Alegrete da Unipampa. Eles têm como objetivo realizar atividades de ensino, pesquisa e extensão através de aplicações teóricas e práticas dos conceitos, técnicas e métodos pertinentes às diversas áreas do conhecimento. Todos os laboratórios possuem normas próprias, um docente gerente e técnicos responsáveis, indicados pela Coordenação Acadêmica e homologados pelo Conselho do Campus. As atividades realizadas nos laboratórios são devidamente registradas, assim como os planos de estudo que as orientam.
São laboratórios do Campus Alegrete:
| Laboratório | Local | Responsável |
| Laboratório de Microscopia Eletrônica de Varredura – MEV | A1 – 123 | Dieison Gabbi Fantinelli (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática I | A1 – 212 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática II | A1 – 210 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática III | A1 – 302 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática IV | A1 – 202 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática V | A1 – 102 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática VI | A1 – 209 | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| LICA – Laboratório de Informática VII | Pampatec | Gustavo Paim Berned (TAE) |
| Laboratório de Solos e Pavimentação | A3 – 101 | Jarbas Bressa Dalcin (TAE) |
| Laboratório de Hidráulica | A3 – 103 | Cleber Milani Rodrigues (TAE) |
| Laboratório de Irrigação | A3 – 103 | Cleber Milani Rodrigues (TAE) |
| Laboratório de Metalografia, Tratamentos Térmicos e Ensaios Mecânicos | A3 – 104 | Milene Nogueira (TAE) |
| Laboratório de Estruturas, Materiais e Construção – LEMAC | A3 – 105 | Raquel dos Santos Machado (TAE) |
| Laboratório de Eletrônica | A3 – 107 | Gerson Evandro de Oliveira Sena (TAE) |
| Laboratório de Sistemas de Energia e Automação | A3 – 109 | Lucas dos Santos de Oliveira (TAE) |
| Laboratório de Optica e Comunicações – LAOC | A3 – 202 | Diego Pereira Fumagali (TAE) |
| Laboratório de Geoprocessamento e Topografia – GEOTOPO | A3 – 203 | Adriana Gindri Salbego (docente) |
| Laboratório de Física | A3 – 206 | Adir Alexandre Bibiano Ferreira (TAE) |
| Laboratório de Química | A3 – 207 | Rafaela Castro Dornelles (TAE) |
| Laboratório de Telecomunicações | A3 – 211 | Ana Carolina Timm Classen (TAE) |
| Laboratório de Metrologia e Instrumentação | C2 – 102 | Ensino Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Reuso de Efluentes e de Água na Agricultura – LAREA | C2 – 103 | Diogo Silveira Kersten (TAE) |
| Laboratório de Pós-Colheita – LAPOS | C2 – 104 | Giulian Rubira Gauterio (TAE) |
| Laboratório de Sistemas Fluidotérmico | C3 – 101 | Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Controle de Automação | C3 – 102 | Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Aerodinâmica/Aeropampa | C3 – 103 | Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Soldagem e Fundição | C3 – 104 | Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Usiagem | C3 – 105 | Ivan Mangini Lopes Junior (TAE) |
| Laboratório de Mecanização Agrícola | C4 | Jhon Pablo Lima Cornelio (TAE) |