O Curso de Engenharia Agrícola oferta anualmente 25 vagas. 

Conforme as Normas para Ingresso no Ensino de Graduação na UNIPAMPA, Resolução nº 260, de 11 de novembro de 2019, o preenchimento das vagas anuais autorizadas para o Curso de Engenharia Agrícola ocorre por meio de um dos seguintes processos seletivos:
• Sistema de Seleção Unificada (Sisu) – sistema informatizado gerenciado pela Secretaria de Educação Superior (SESu) do MEC, por meio do qual são selecionados estudantes para o Curso;
• Nota do Enem – processo regido por edital próprio que utiliza as notas do Enem de anos anteriores para selecionar estudantes para o Curso.

O Curso de Engenharia Agrícola ainda conta com o ingresso via ação afirmativa, o qual se materializa como política institucional da Universidade e tem como objetivo expandir o acesso ao ensino superior por grupos historicamente alijados desse direito. São ações afirmativas institucionais:
• Ação Afirmativa para Pessoa com Deficiência – reserva de 2% das vagas em todos os editais de ingresso regular nos cursos de graduação;
• Ação Afirmativa para Pessoas Autodeclaradas Negras (Preta ou Parda)– reserva de 2% das vagas em todos os editais de ingresso regular nos cursos de graduação.

Além do ingresso regular, o Curso de Engenharia Agrícola conta com um Processo Seletivo Complementar (PSC), promovido semestralmente, para ingresso no semestre subsequente, visando o preenchimento de vagas ociosas geradas em função de abandonos, cancelamentos e desligamentos. O PSC é destinado aos estudantes vinculados a IESs; egressos de cursos interdisciplinares; aos portadores de diplomas que desejam uma nova graduação; aos ex-estudantes da UNIPAMPA em situação de abandono, cancelamento ou que extrapolem o prazo máximo de integralização; e aos ex-estudantes de IESs interessados em concluir sua primeira graduação.

Parte das vagas ociosas do Curso de Engenharia Agrícola também podem ser destinadas, via processo seletivo específico, para Fronteiriços, Indígenas Aldeados e Moradores das Comunidades Remanescentes dos Quilombos.

Por fim, destaca-se o portal Ingresso na Graduação da UNIPAMPA, o qual consolida e disponibiliza todas as informações relacionadas aos processos seletivos da Universidade. Além dos editais e resultados, o portal disponibiliza material de suporte que auxilia os candidatos no processo de inscrição