Em 2006, ocorreu o ingresso da primeira turma de alunos do curso, originalmente denominado Engenharia Computacional, ainda sob a tutela da UFPEL.

Em 2008, é formalmente instituída a Fundação Universidade Federal do Pampa – UNIPAMPA, por meio da Lei 11640 de 11/01/2008. Neste mesmo ano, por iniciativa dos alunos e suporte dado pelos professores do curso, nasce o Diretório Acadêmico da Engenharia de Computação (DAECOMP).

Em 2009, é emitida a Portaria 492 de 05/08/2009, pela Reitoria da UNIPAMPA, a qual formaliza a autorização para o funcionamento do curso na instituição nascida em 2008.

Em 2010, o primeiro Projeto Pedagógico de Curso (PPC) foi concluído pelo Núcleo Docente Estruturante (NDE), na época composto por sete professores: Ana Paula Lüdtke Ferreira, Bruno Silveira Neves, Carlos Michel Betemps, Cláudia Camerini Corrêa Pérez, Cristian Cechinel, Leonardo Bidese de Pinho e Reginaldo da Nóbrega Tavares.

Em 2011, o curso passou a ser ofertado em infraestrutura própria da universidade, no Bairro Malafaia. No mesmo ano, o curso recebeu a visita da comissão de avaliação do INEP, designada como parte do ato regulatório de reconhecimento do curso pelo MEC,  no período entre 30/11/2011 a 03/12/2011, resultando em relatório com atribuição do conceito final 4 (máximo 5).

Em 2012, ocorreu a formatura da sua primeira turma de Engenheiros de Computação, concluintes de 2011/2.  Neste mesmo ano foi ofertado o curso de Especialização em Sistemas Distribuídos com Ênfase em Banco de Dados.

Em 2013, o curso foi formalmente considerado reconhecido pela Secretaria de Regulação e Supervisão da Educação Superior (SERES) do MEC, por meio da Portaria 618 de 21/11/2013, com a autorização para manutenção da oferta de 50 vagas anuais.

Em 2014, o curso foi classificado pelo Guia do Estudante da Abril entre os melhores cursos de Engenharia de Computação do Brasil, com 4 estrelas (máximo 5).

Em 2015, o curso passou a constar como registrado no Conselho Regional de Engenharia e Agronomia do RS (CREA-RS), permitindo que os egressos interessados atuem profissionalmente como Engenheiros. Neste mesmo ano o MEC renovou o reconhecimento do curso, por meio da Portaria 1094 de 24/12/2015.

Em 2016, ano em que o curso completou dez anos, foi aprovado pela CAPES e passou a ser ofertado, em parceria com a EMBRAPA Pecuária Sul, o curso de Mestrado Acadêmico Interdisciplinar em Computação Aplicada, dentro do Programa de Pós-Graduação em Computação Aplicada – PPGCAP.  Também foi aprovada sua primeira reformulação de Projeto Pedagógico de Curso, o qual entrou em vigor em 2017.

Em 2018, o curso ficou entre os 10% melhores no indicador IDD (Indicador de Diferença entre os Desempenhos Observado e Esperado) e entre os 20% melhores no indicador CPC (Conceito Preliminar de Curso), segundo o INEP.  Além disso, por meio da Portaria 918 de 27/12/2018, a SERES renovou o reconhecimento do curso.

Em 2019, o PPC do curso foi atualizado, contemplando a revisão da matriz curricular (pré-requisitos e co-requisitos) e ementas.

Em 2020, o curso, mesmo com a oferta noturna, ficou novamente situado com o conceito 3 no ENADE, seguindo a média do Rio Grande do Sul e da Região Sul, mas significativamente acima da média nacional. Além disso, o curso foi novamente avaliado no Guia da Faculdade, fruto da parceria entre a Quero Educação e o jornal O Estado de S. Paulo, tendo sido classificado entre os cursos 3 estrelas (máximo 5), de um total de 213 cursos da área ofertados no país, estando entre os 98 melhores do país.

Em 2021, ocorreu a renovação do reconhecimento do curso de Engenharia de Computação da Unipampa Campus Bagé, por meio da publicação da portaria nº 110 realizada no D.O.U (Diário Oficial da União).

Em 2023, iniciou-se a implantação no novo PPC do curso, atualizado a luz das novas Diretrizes Curriculares Nacionais (DCN) para as engenharias e em consonância com as perspectivas internacionais de formação de Engenheiros de Computação conforme orientações da ACM e IEEE. Nesta nova abordagem passou-se a enfatizar o desenvolvimento de competências e aprendizagem ativa integrando teoria e prática, incluindo também ampliação da carga horária em atividades de extensão, com destaque para os Programas  Escritório de Projetos de Engenharia de Computação (EPEC) e Unipampa Cidadã. Neste ano a Unipampa passou por processo de Recredenciamento Institucional, obtendo conceito 5 (máximo), conforme Portaria SERES/MEC Nº 227.

Em 2024, entra em operação a GENUS, Incubadora Tecnológica do Campus Bagé, espaço dinâmico dedicado ao desenvolvimento de startups e projetos inovadores na região.  Entre as primeiras quatro startups selecionadas por meio de edital, duas possuem participação de alunos e/ou professores da EC. Neste ano o curso de EC teve a honra de organizar em Bagé a edição anual da Escola Sul de Microeletrônica (EMicro) e o Simpósio Sul de Microeletrônica (SIM), eventos de âmbito regional realizados pela Sociedade Brasileira de Computação (SBC) e pela Sociedade Brasileira de Microeletrônica (SBMicro) e pelo capítulo IEEE CASS Rio Grande do Sul (CASS-RS).

Em 2025, o curso foi novamente avaliado no Guia da Faculdade, tendo sido classificado entre os cursos 4 estrelas (máximo 5), de um total de 258 cursos da área ofertados no país, estando entre os 98 melhores do país. Apenas cinco cursos receberam 5 estrelas, estando a EC entre os 84 que receberam a segunda maior avaliação (66 receberam 3 estrelas e os demais não receberam estrelas).

Em 2026, ano em que o curso completou 20 anos, foi organizada nas dependências do Campus Bagé a 26a Edição da Escola Regional de Alto Desempenho da Região Sul (ERAD/RS), evento consolidado, com 25 anos de trajetória de sucesso, promovido pela SBC, com apoio da Comissão Especial de Arquitetura de Computadores e Processamento de Alto Desempenho (CE-ACPAD) e da Comissão Regional de Alto Desempenho da Região Sul (CRAD/RS).