A Unipampa aderiu ao novo sistema de ingresso às universidade federais proposto pelo MEC. A seleção dos candidatos é por meio do Sistema de Seleção Unificada (SISU), utilizando-se as notas obtidas pelos estudantes no Exame Nacional de Ensino Médio (ENEM). As inscrições são feitas exclusivamente pela internet em http://sisu.mec.gov.br.

Anualmente, são oferecidas 40 vagas que se destinam aos candidatos classificados, os quais ingressam no 1^o semestre letivo de cada ano. Também anualmente, são divulgados editais para processo seletivo complementar, nas modalidades: reingresso, transferência voluntária ou portador de diploma.