El Programa de Posgrado en Ciencias Farmacéuticas (PPGCF), nivel de Maestría, fue creado y aprobado por resolución del Consejo Universitario de la Universidad Federal de Pampa en 2011. El PPGCF ha logrado el reconocimiento a través del número 601 de la Ordenanza del Ministerio de Educación brasilero en el 09 de julio de 2013 e inició sus actividades en el segundo semestre de 2012.

El PPGCF de la UNIPAMPA cuenta con un grupo de investigadores cualificados que trabajan en áreas de investigación como productos naturales, química medicínale, farmacocinética, farmacodinamia, farmacogenética, toxicología, inmunología, biología molecular, el desarrollo y control calidad de los insumos, los productos farmacéuticos innovadores y cosméticos y nanotecnología. La investigación está relacionada con la obtención de moléculas de interés terapéutico a partir de fuentes naturales o sintéticas, la evaluación de su potencial toxicidad y actividad biológica. Estas acciones incluyen todo el proceso comprendido en el desarrollo de fármacos, desde el descubrimiento/diseño de nuevas moléculas hasta la obtención de las formas farmacéuticas.

Además el PPGCF presenta aspectos diferenciales en el desarrollo de sus actividades relacionadas con el estudio de las materias primas y los compuestos bioactivos derivados del  Bioma Pampa, en el Sur de Brasil, y su uso como insumo para el desarrollo de productos farmacéuticos; y el estudio de drogas, medicamentos y cosméticos de uso humano y veterinario procedentes de países del MERCOSUR.

Los principales objetivos del Programa son desarrollar el conocimiento técnico y científico de alta calidad en el campo de las Ciencias Farmacéuticas; capacitar personal científico de alto nivel para promover el desarrollo de la investigación y la enseñanza en el país y en el Mercosur; contribuir al desarrollo regional y nacional.