Atualmente os professores e estudantes de Engenharia de Computação realizam suas pesquisas nos seguintes grupos institucionais registrados no CNPq:

• Computação de Alta Eficiência – HECO – High Efficiency Computing, coordenado pelo Prof. Dr. Bruno Silveira Neves e pelo Prof. Dr. Leonardo Bidese de Pinho
• GREAT – GRupo de Engenharia da informação Aplicada e Tecnologias educacionais, coordenado pelo Prof. Dr. Sandro da Silva Camargo
• NP3 – Núcleo de Pesquisa em Pecuária de Precisão, coordenado pela Profa. Dra. Ana Paula Lüdtke Ferreira
• GIMM – Grupo de Informática Médica e Microeletrônica, coordenado pelo Prof. Julio Saraçol e pelo Prof. Érico Amaral